操作系统比较单一。众所周知，Windows系统有两大特点：一是操作方便，二是容易掌握。因此Windows系统是目前人们最常用的电脑操作系统。但是由于该系统的代码并非开源，也就是说看不到程序的源代码，而且不能为了二次开发进行再次编译，这样一来，一旦系统出现漏洞，这些漏洞就可能极易被利用，从而使系统受到不同程度的攻击。而且从发现漏洞到官方公布补丁这个过程是需要一定时间的，那么系统数据库在等待的这段时间内就极易产生安全问题。相反，Linux系统本身就是开源的，也就是说程序的源代码是可以被看到的，因此，若发现系统漏洞后，官方就能够尽快的公布补丁时间，换句话说就是漏洞被利用攻击的时间就会相应的缩短。
软、硬件设施不配套。随着社会的不断发展和人们生活水平的不断提高，性能高的服务器越来越受到企业或者个人的喜爱。然而，在组装好硬件设施并且联网后，企业或者个人却往往忽略了后期的管理与投资，造成了软、硬件设施的不配套。而且后期网站的管理及维护人员一般都是临时培训上岗的，并没有接受过专业系统的学习。因此，受到知识结构和技术的水平限制，一旦网站数据库出现安全问题，这些管理人员都不能够及时的采取相应措施进行补救。
数据库自身不完善。系统工程方法是用以组织实施网站开发的基础性方法，然而，目前我国大多数网站开发者的工作重心却在于网站功能的设计以及实现上，所以往往会采用直接编写代码的方法而不是系统工程法。这样一来，随着需求的变化，数据库表也会相应的增加，那么在数据表中就会出现企业的商业敏感数据，而且通常是以明文的方式，没有任何加密措施，这样导致商业敏感数据极易被窃取或者篡改。比如采用明文存储并且无任何加密措施的CSDN用户密码就被黑客窃取并公布。
后台管理系统网页设计中的安全问题。一般情况下，在网站开发中Web方式被广泛应用于数据库的访问以及管理当中，并且在实际操作中通过后台管理系统来实现。然而，在设计过程中，存在于后台管理系统首页的安全隐患经常会被设计人员忽视掉，设计人员通常会以后期维护方便为目的，在前台用户能够浏览到的网页上安置后台管理系统的功能，这样一来，就会暴露后台管理系统的首页地址，从而对网站数据库的安全管理造成不同程度的威胁。比如我国大部分学校网站都会有两个管理入口，一个是管理员的选择窗口，另外一个则是普通用户的选择窗口。
源代码缺陷导致的安全问题。艾瑞网《2007年1月CNNNIC中国互联网第十九次统计报告》中有一项针对“网页形式分类”的调查，根据调查结果发现在实际应用中，动态网页技术中的ASP技术仍为广大用户的首选。为了防止非法分子的恶意破坏，用户在输入数据的时候必须要以数据的合法性为前提。然而程序员在编写代码的时候，并没有判断数据输入的合法性，因此，这就给系统应用程序的安全造成了一定程度的威胁。
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