网站结构优化主要包括网站内部链接、页面布局、框架页面及网站链接深度几个方面的优化。
1)网站内部链接优化：网站内部链接优化包括网站导航优化、面包屑导航优化、页面之间的链接优化、网站地图优化等方面。
①网站导航优化。搜索引擎蜘蛛到达某个网站时，访问网站每个页面，大部分情况下，是通过网站导航栏的链接进入的。文本样式的导航链接更有利于蜘蛛程序的爬行，如果确实需要用Flash、Javascript、图片作为网站导航的设计，那么需要解决搜索引擎不识别的问题。比如：在页面的其他部位（如导航条下部、页面底部等）放置文本文字的链接；在页面的底部或者其他显著位置放置HTML格式的网站sitemap；通过设置图片的alt属性优化图片，增加蜘蛛程序的识别性。。
②面包屑导航的优化。面包屑导航清晰地显示出当前页面的访问路径，能够让用户清楚地了解访问所处的位置，同时优化面包屑导航文字内容，也是内部链接优化的重要部分。一方面，可以在面包屑导航文字内容中布置页面关键字，提高关键字与目标页面的相关性，提升目标页面的权重；另一方面，面包屑导航让上一级栏目页获取大量的内部反向链接，也提升了上一级页面的权重。面包屑导航的优化不仅有利于蜘蛛程序的爬行，同时也提升了用户体验度。
③相关页面的链接优化。在内容页的侧栏或者下部添加相关文章的链接，这也是一种提高网页搜索引擎性能的做法。对于访问网站的用户来说，提供相关产品的链接功能，可以增加用户页面访问数量，延长用户驻留网站的时间，吸引客户访问更多的产品或服务，从而提升网站的转化率。而对于搜索引擎优化来讲，一方面，用户网站浏览时间长短及网站转化率能够体现网站用户体验度，而用户体验度的高低是影响网站排名的关键因素；另一方面，添加相关文章的链接，优化网站的关键字，可以提升页面相关性。
④网站地图。网站地图可以清晰地展示整个网站的主要链接结构，通过网站地图，网站的各个页面可以很容易被蜘蛛程序抓取到，而且不容易被遗漏掉。
2)页面布局：搜索引擎对页面每个区域的重视程度是不一样的，同样的内容出现在页面不同的区域，所起的作用有很大的区别。从用户体验的角度出发，普通用户在浏览网页时是自上而下、自左而右进行的，对于搜索引擎同样如此，页面中各区域的重要关系是：顶部>左边>右边>底部，搜索引擎优化要将当前页面重要内容分配到页面顶部，提高内容权重。
3)框架页面：框架能够构建框架页面，对于框架页面，搜索引擎在抓取时会先分析主页面，并从中提取子页面的URL,再根据这些URL抓取相应的子页面，即搜索引擎对框架页面中的主、子页面是单独抓取的，且子页面不认为是主页面的一部分。因此为了防止不支持框架技术的设备，可以通过设置<noframes>标签来解决。通过在<noframes>标签提供一些与页面主题相关的信息，从而在遇到不支持框架技术的设备时，同样能够提高页面的相关性。
4)链接深度：链接深度是到达目标页面的URL深度，即URL目录层次，网站中越是浅层次的页面越容易被蜘蛛程序抓取到，并赋予更大的权重，而层次深的页面不容易甚至不能被蜘蛛程序抓取到，获取的权重也是很小的。因此，在优化中，要尽量减少页面的链接深度，一般情况下，三层链接深度比较合适[31]。另外要降低重要目标页面的链接深度，比如企业网站中，可以把热门推荐的产品的链接直接做到首页上，增加该产品页的权重。
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